El Capitán Custodio del Santo es un personaje originario de 1997, creado para custodiar la imagen de San Fernando Rey en todos los actos de las Calendas. Es un rol vitalicio y hereditario. Se acompaña en la custodia de la Madrina del Santo.
El Capitán Custodio del Santo viste una túnica manga corta, de largo hasta arriba de sus rodillas, de color que puede ser verde oliva o azul rematada por un orillo con cinta dorada, todo sobre un pantalón y una camisa blancos de algodón manga larga, cruzado por un cinturón grueso de color dorado. La parte baja de la túnica lleva diseños heráldicos de Castilla y León (torres de castillos y leones rampantes) en dorado. Lleva una capa amarilla sin forro que cubre la túnica sobre su espalda. Al frente cae, a modo de paño de hombro a hombro, bajo el cuello, parte de su capa con sujetadores dorados en sus hombros. Sobre su cabeza lleva una Eloina (gorro) del mismo color de la túnica, con visera dorada. Porta una espada de color plateado.
Es un personaje vitalicio ya que formó parte del grupo fundador y se ha establecido para tener sucesión hereditaria. Este rol fue desempeñado por Nasser Carmona y protegido con celo por el Ateneo de San Fernando quienes lograron un gran realce de esta posición, hasta el año 2016 cuando Nasser vuelve a su ciudad natal de Pedraza. Al no dejar heredero, asciende por mérito el entonces Capitán de Calenda Rafael Bejas hasta 2017 cuando migra a Argentina. En su lugar, sin heredero, Albert Aquino es designado para esta posición temporalmente. En 2023, la posición se mantuvo vacante, y el Capitán de Calenda Emilio Santodomingo es encargado por el Capitán Mayor para acompañar la posición.
El Capitán Custodio del Santo tiene delegación en el Capitán Mayor, quien debe acompañar al santo y a la madrina en caso de ausencia. El Capitán Mayor tiene la autoridad plena para ordenar a cualquiera de sus capitanes ocupar la posición del Capitán Custodio en su ausencia, de preferencia a los de mayor rango. Estas asignaciones son transitorias y no alteran la jerarquía del Capitán Custodio del Santo.
